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A la mort du roi Salomon, vers -930, son royaume se coupe en deux : au nord le royaume d’Israël, centré sur dix tribus et sa capitale, Samarie, et au sud le royaume de Juda, centré sur deux tribus (Benjamin, Juda et une partie des Lévites) et sa capitale Jérusalem.

La destruction du royaume d’Israël

Le royaume d’Israël a été envahi et détruit par l’Assyrie en -722, qui en a fait une de ses provinces. Le royaume de Juda accepta en revanche la suzeraineté assyrienne et survécut ainsi. Juda reprit une certaine indépendance sous le règne de Josias (de -639 à -609)¹, jusqu’à sa destruction par les Babyloniens et à la déportation d’une partie de sa population en -587/-586.

D’après la Bible (Deuxième Livre des Rois), la population du royaume d’Israël aurait été déportée vers d’autres régions de l’empire assyrien. Elle aurait ensuite mystérieusement disparu. Ce seraient les dix tribus perdues d’Israël.  Des populations étrangères auraient été déplacées pour les remplacer sur leur territoire. Ces étrangers auraient créé une religion mélangeant influences israélite et païennes, donnant ainsi naissance aux Samaritains.Les Juifs  et à leur suite les chrétiens, ont considéré que les Samaritains ne pouvaient prétendre être les descendants des tribus d’Israël. Celles-ci ne se survivent donc pas à travers ces derniers, mais ont mystérieusement disparu.

D’après les assyriens, Il y a un point commun avec les livres des Rois : la déportation des Israélites a bien eu lieu. Mais il y a une différence importante : le nombre des déportés. Pour le Deuxième Livre des Rois, c’est toute la population ou presque qui a été déportée. Pour Sargon II, c’est une minorité. Les archéologues estiment en effet la population du royaume de Samarie à 200 000 personnes, d’après les villes et villages retrouvés. Il y avait bien eu une première déportation dix ans plus tôt, quand le roi assyrien Teglath-Phalasar III avait conquis la Galilée. Mais elle aussi a été chiffrée par les textes assyriens. Le total des deux déportations atteint environ 40 000 personnes, soit 20 % seulement du total des habitants. Sans doute essentiellement l’élite. Les historiens pensent que certains Israélites du Nord seraient également partis en tant que réfugiés vers le Royaume de Juda. L’implantation d’étrangers est indiquée plusieurs fois dans le reste du texte.

D’après les archéologues, on a retrouvé, à Gézér et dans les environs, des textes cunéiformes du vii^e siècle av. J.-C. contenant des noms babyloniens. La déportation de populations allogènes en Samarie (au moins dans certaines zones), affirmée par les livres des Rois, est donc bien confirmée. L’archéologie indique par contre que ce repeuplement fut loin d’être massif. Les poteries, inscriptions, villages, etc. montrent une grande continuité avec la période antérieure^.

Selon certains historiens, la religion actuelle des Samaritains, strictement fondée sur le Pentateuque, ne présente pas de trace de paganisme.Au vi^e siècle av. J.-C., le livre de Jérémie les montre faisant des offrandes au temple. Les traités rabbiniques datant du début de l’ère chrétienne indiquent que ce strict monothéisme est très ancien. Le traité  ‘Houllin accepte la viande des animaux qu’ils ont tués comme casher, si un juif a été témoin de l’abattage¹¹, et le traité Orlah du Talmud de Jérusalem admet leur pain sous certaines réserves. Dans un autre traité du Talmud de Jérusalem, qui daterait du i^er siècle, leur nourriture est considérée comme légale¹³. Un traité mineur (Massecheth Kuthim) confirme leur acceptation partielle : « quand pourront-ils être reçus dans la communauté juive ? Quand ils auront renoncé à Har Garizim (le mont Garizim) et reconnu Jérusalem et la résurrection des morts ». Le même traité reconnaît que dans la plupart de leurs usages, ils ressemblent à des israélites.
Pour toutes ces raisons, la thèse dominante chez beaucoup d’historiens est donc plutôt que 80 % des habitants de l’ancien royaume de Samarie sont restés sur place, et sont devenus les Samaritains (au sens religieux du terme) cités par le livre des rois¹⁵. Les déportés, assez peu nombreux, auraient fini par s’assimiler dans les populations environnante.